سید مهدی حکیم در ۱۳۱۴ش در نجف به دنیا آمد، پدرش آیت الله سید محسن حکیم بود. نسبش به سادات طباطبایی می رسد که به امام حسن مجتبی(ع) منتهی می شود.
وی مقدمات حوزه را نزد شیخ محمد تقی الفقیه، منطق، اصول و فقه در سطح عالی را نزد سید محمد و سید احمد حکیم، درس خارج اصول و فقه را نزد آیت الله خوئی، سید محمدباقر صدر و شیخ حسین حلی فراگرفت.
سید محمدمهدی به همراه شخصیت هایی مانند سید محمد باقر صدر، یکی از مؤسسان حزب الدعوة الاسلامیة در ۱۳۳۷ش بود.
وی در ۱۳۴۲ش، به نمایندگی پدر خود، عازم بغداد شد. او در تأسیس مدارس امام جواد(ع) در بغداد و کاظمیه و دانشکده اصول دین شرکت داشت و یکی از مدرسان این دانشکده بود. همچنین از مؤسسان جماعة العلماء فی النجف الاشرف بود و از شخصیت های محوری آن به شمار می آمد.
سید محمدمهدی حکیم در جنبش اسلامی عراق در دهه ۱۳۴۰ش و مقابله با اقدامات دین ستیزانه حکومت های وقت نقش بسزایی ایفا نمود. به همین دلیل حزب بعث حاکم، در ۱۳۴۸ش او را به ارتباط با کشورهای خارجی و تلاش برای براندازی دولت و همکاری با کردها در مبارزه با حکومت وقت متهم کرد و درصدد دستگیری وی برآمد. بنابراین سیدمحمدمهدی مجبور شد عراق را ترک کند و به عربستان سعودی برود. او از آنجا به اردن، ایران و پاکستان سفر کرد و در ۱۳۵۰ش عازم دبی شد.
فعالیت ها در دبی: ارشاد مردم بعد از نمازهای یومیه و تبیین مسائل محوری دین چون عقاید، تاریخ و احکام قرآنی، تأسیس مسجد امام علی(ع)، ایجاد مسجدی در منطقه قصص، گسترش مسجد شارقه، تأسیس اوقاف جعفریه، تأسیس مدرسه امام صادق(ع) که به اطفال اختصاص داشت؛ تأسیس مؤسسه اهل البیت(ع) که به امور خدماتی مؤمنین می پرداخت و با ایجاد صندوق خیریه ای تحت پوشش این مؤسسه به حل معضلات اقتصادی محرومین اهتمام می ورزید.
وی مدت کوتاهی در سال ۱۳۵۹ش در دمشق ساکن شد و پس از آن به لندن رفت. در آنجا در ۱۳۶۱ش، جنبش گروه های اسلامی عراق (حرکة الافواج الاسلامیة العراقیة) را پایه گذاری نمود که هدف آن ایجاد هماهنگی بین گروه های مخالف حکومت حزب بعث در اروپا بود.
علاوه بر آن، وی در تأسیس انجمن اسلامی جهانی اهل بیت (رابطة أهل البیت الاسلامیة العالمیة)، کانون اهل بیت (مرکز اهل البیت)، کمیته حمایت از آوارگان عراقی (لجنة رعایة المُهَجَّرین العراقیین)، و سازمان حقوق بشر در عراق (منظمة حقوق الانسان فی العراق) بسیار مؤثر بود.
انجمن اسلامی جهانی اهل بیت اولین همایش خود را در ۱۳۶۲ش در لندن برگزار کرد و سید محمدمهدی حکیم به دبیرکلی آن انتخاب شد. این انجمن از جمعیت های اسلامی نقاط مختلف جهان تشکیل می شد.
در دی ماه ۱۳۶۶ش جبهه ملی - اسلامی سودان از سید مهدی حکیم دعوت کرد تا در کنفرانسی که برای دومین بار، در خارطوم پایتخت سودان، برگزار می گردد، شرکت کند. بعثی های عراق نیز که از این دعوت آگاه شدند و قصد ترور وی را داشتند، سرانجام در ۲۹ جمادی الاول ۱۴۰۸ق/ ۲۹ دی ۱۳۶۶ش وی را به شهادت رساندند. بعد از انتقال پیکرش به تهران و تشییع وی، به قم منتقل شد و در مسجد بالاسر حرم حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد.