از دوستان و هم مباحثه ای های مرحوم آیه الله خاتم یزدی می توان از آیه الله محمد رضا توسلی از اعضای فعال دفتر امام (ره) و شیخ عبدالله كنی نام برد. دیگر از دوستان ایشان حاج شیخ محمود علومی و آقای میرزا محمد پیشوایی بود كه مكاسب را با ایشان مباحثه می كرد.
از دوستان صمیمی ایشان می توان از مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی فرزند برومند حضرت امام خمینی(ره) یاد كرد كه مرحوم خاتم یزدی، در اولین سال حضور در قم با ایشان آشنا شدند و در قم و نجف همواره رفیق شفیق او بودند.
ایشان درباره ویژگی های علمی و اخلاقی مرحوم مصطفی خمینی می گوید: مرحوم حاج آقا مصطفی در فقه و اصول و فلسفه و تفسیر و عرفان و حتی ادبیات عرب از افراد صاحب نظر این علوم به شمار می آمد و عمیقاً در این زمینه های علمی كار كرده بود و تألیفاتی نیز در اكثر این رشته های علمی داشت كه بعضی از آنها در اصول فقه و تفسیر به چاپ رسیده است. در ضمن ایشان از اساتید و مدرسین این فنون علمی به شمار می آمد و به ویژه در ایام تعطیل حوزه محافل درس و بحثی در زمینه اصول و فقه و تفسیر برپا می كرد... در زمینه مسائل اخلاقی نیز آن بزرگوار، انسانی متقی و زاهد به شمار می رفت و همواره در مسیر مبارزه و مجاهده با نفس حركت می كرد و ضمن تقید به احكام شرعی با تحمل ریاضت در صدد تعالی روح و اصلاح بیش از پیش نفس بود و در این راستا غالب اوقات، به ویژه در ایام زیارتی حضرت اباعبدالله الحسین علیه السلام مثل اول ماه رجب و نیمه همین ماه و اول و نیمه ماه شعبان و روز عاشورا و اربعین حسینی با پای پیاده از نجف به كربلا مشرف می شد»
جستجو در قاموس نور